僕は数年前、エジプトの旅行代理店で予約しました。

今はどうか知りませんが日本の旅行会社(現地の日系旅行会社含む)通してワゴンリーの切符とろうとするとなんだかイヤに高かったのを覚えています。自分はYahoo UKの検索サイトで　travel agency Egyptとか入力して適当にエジプトに旅行会社をひっかけ、問い合わせました。確かそのときは日本の代理店の60%くらいの価格で入手できました。
基本的に7月はエジプトのlow seasonにあたりますから、満席になる心配はないとは思うのですが、カイロ→ルクソール・アスワンの列車で外国人が乗れるやつって(法律上は)相当限られているので、万が一乗れなかったら・・・などの精神衛生を考えると事前に予約したほうが無難でしょうね。