自分はどうしたいのですか?

トラブルのない旅はありません。ただその問題が大きいか小さいかだけで。
国境には大人から子供まで旅行者をターゲットにしたスリはいますし、
ぼったくりのバイタクは空港から街の中までどこにでもいます。
女性ということでバイタクやタクシーに連れ去られてレイプされたという話も
頭の片隅には入れておかなければいけないですし。

大なり、小なりそのトラブルにあったときに、自分で対処しようとするか、
もしくはその辺にいる人に助けてもらわないとどうにもできないか。
今の自分がどういうスタンスなのかで決めればいいと思いますよ。
ただ、日本の感覚そのままでは面倒に巻き込まれることも多いでしょう。

治安に関しては、銃が今でも簡単に手に入りますし、
スリや窃盗、強盗のたぐいは貧困のためカンボジアの方が多いのはしょうがないです。

結論としてはどっちでもいいんですよね。
ただ、こういった掲示板で、どうしよう、どうしようという、
人を頼らないと決められない性格でしたら、
飛行機で移動した方がまだ安心かなという印象です。

自分の旅は自分で作る、自分の身は自分自身で守る、
といった当たり前のことを考えて、自分で決断すればいいんです。
ガイドブックに普通に書いてあることそのままですね。
考えれば先にそのための下準備はするでしょうし。

悩んでいるというのであれば何も決めずに行くのもありですよ。
そのときの気分でとか、バス乗り場の方が近いとかで、移動方法が決まったりすることも多いので。
たぶん日本人の集まるところに泊まると思いますから、
そこで情報をもらってもいいですし。