夜行バス

夜行バスはありません。
夜行バスがあったとしても国境は24時間空いているわけではないので実用的ではありません。
国境が空いているのは
朝7:30～夜8:00(20:00)です。(最新情報は要確認)

実用的なのは最初に返答されている、かとうちゃんです さんが書かれている方法です。

朝3:30　バンコク新北バスターミナル(モーチットバスターミナル)出発
朝7:30ごろ国境の街(アランヤプラテート)到着
国境まで約6km移動
出国・入国　早くて20分～混んでいて1時間
入国は混んでいたとしても9時頃にはすみます。
すぐにタクシー貸切(チャーター)で出発。
チャーターならすぐに出発します。
最近の道路状態で2時間30分～3時間でシェムリアップ到着。
何度かこのコースを利用していて状況がわかっている人だと
11時過ぎ～12時頃には到着可能です。


同じ方法で帰路を考えた場合。
宿でタクシーを手配してもらう。
朝5時シェムリアップ出発
8時前には国境到着。
この時間のカンボジア出国・タイ入国は混んでいないので、9時にはバスターミナルにいけます。
9時ごろのバスに乗れればバンコクの渋滞を考えても新北バスターミナルに昼の1時～2時に到着。

片道飛行機利用の場合はネットでの購入が安いです。
http://www.bangkokair.com/


ちなみに現地6日間もあるならタイの滞在日数を減らしてでもカンボジアに時間を使ったほうがいいです。
カンボジアには3泊4日～4泊5日くらいは使ったほうがいいのではないですか。
タイなんていつでも旅行できますよ。
タイの旅行は無理すれば日本から2泊3日～3泊4日なんて旅もできます。