あ、うっかりしてました、失礼しました

確かにららさらまさんのご指摘通り、分籍はオトナ(成年)になってからでした。うっかりしてましたね、訂正してお詫びします。失礼いたしました。

それにしても0歳児からパスポートが必要だそうですから、パスポートの役割としてまず重要なのは本人確認で、親子や親戚、夫婦関係などは出入国管理には副次的な、場合によっては必要のない情報なのかもしれません。不倫カップルでも海外旅行へ行けますし、自分の子か甥や姪かは区別は付かないでしょう。

ちゃんとした国同士ならコンピュータで先回りして情報をやり取りしてるでしょうから、パスポート記載事項以外の情報も送られているでしょう。子供は何人、親は誰、逮捕歴は・・・という具合に。相手国の管理当局もそれを見ているはずです。
辺境の国境では記載事項が全てでしょうし、万一確認作業があった場合にも、親子の本籍地が違っていても戸籍上親子関係があれば、情報の出元は違っても結果として証明は可能です。
であれば、親子の本籍が違っても出入国には支障ないものと思われます。

MAQUIさん本人のパスポートは厄介ですね。戸籍ベースで管理されていますから、現在の戸籍とパスポートが同一人物のものであることを証明する必要があります。それができないとパスポートが無効になってしまいます。除籍証明が必要なのもそのためでしょう。面倒かと思いますが現在の戸籍をパスポートに記載する必要がありますので、粛々と手続きをされるしかないです。
そうすれば、子供さんと揃う可能性もありますね。