JALとUALに電話

JALとUAはアグリーメントがあるはずなので、成田で纏めてチェックインできる可能性あります。
まずはJALに電話して貴方のSFO行きは乗り継ぎがあることを伝えましょ。ついでにスルーチェックインできるか聞きましょう。あとは、UAにも電話してSFO発の便が乗り継ぎだと伝えればOK。
なお、スルーチェックインでも税関で一旦荷物を受取るのは避けられません。