マレーシアはお勧めしない

マレーシアを基点にするとシンガポールとタイの中間の位置になるので
ルートに無駄が出来るのでこの場合のルートにはお勧めできません。
またマレーシアはチケット市場がまだ未熟のせいかタイなどに比べると割高になりますので、
現地でチケットを追加して購入しようと思っているなら余計お勧めできません。

はじめの予定通りUAでシンガポールとバンコクのオープンジョーがお徳かも知れません。
金銭的に余裕があるのなら上のチケットにアセアンパスを追加で購入して楽々周遊もありでしょう。

あと陸路の場合残念ながらタイ-カンボジアはどちら方向でも多分同じです。
どちらかを経験すればまた陸路で戻りたいとは思わなくなるでしょう(笑)
ただ話のネタに経験するのも良いかも知れません。