当然

電話するべきです。
日本航空ではやったことがありませんが、他社では格安航空券だろうと
何だろうと必ず席は希望を出します。それで何度も席を指定しました。
もちろん必ずしもそれが通るかどうかは確定ではありませんが。

たまに航空会社に電話しても”旅行会社に言ってください”と言われる
ことがありますが、そのときには旅行会社にその旨伝えれば良いだけです。