Re: JALウエイズでグアムへ行きます。席の予約について。

ツアーの場合や格安航空券の場合、事前指定できるというのはあっまり聞いたことないです。webで航空券を予約したときには、最近は指定が可能です。添乗員付きのツアーなどは、機内後方にまとまって座席が指定されるようです。
事前指定以外は早いもの順らしいので、早めに空港に行ってチェックインが良いのではと思います。
バラバラになっても、搭乗後CAさんに言って、何とかしてもらうのも可能です。