香港→フィリピン　

基本的にはフィリピンに到着する飛行機の便を書くことになります。
今回の場合は
香港→フィリピン
です。

しかし不安なら　
日本→香港
香港→フィリピン
両方のフライトについて書いても問題ありません。
深く考える事無いですよ。