案ずるより産むが易し…?!

KLMで成田→ミュンヘンまで行くのなら何の心配もいりません。
成田でアムステルダムまでとアムステルダム→ミュンヘンの2枚のボーディングパス(搭乗券)を渡して貰えるハズです。
ミュンヘンまでのボーディングパスに搭乗ゲートの番号が記載されていない場合は
アムス降機後の連絡通路に設置されているTVモニターか乗り継ぎカウンターで(ミュンヘンまでの飛行機の)出発ゲート番号を確認します。
ゲート番号が分かれば其処に行けばイイだけ、何の手続きも必要ありません。
通常、預け荷物は最終到着地(ミュンヘン)までスルーチェックになるハズですが、
W杯期間の特別警備の為に特例が設けられてるかも…空港でのチェックインの際に確認してください。

機内には日本語の出来るスタッフが必ず乗務していますから、
乗り継ぎのコトが心配なら「初めてで不安です」と申し出れば
困らないようにアドバイスをして貰えます。
過去幾度も利用した経験から、
KLMのスタッフは某日系航空のように、執拗に親切ではありませんが
要求されたリクエストには適切に答えてくれます。