ドイツはシェンゲン協定一時解除中です。

こんばんは。概ねお二人の回答者のおっしゃる通りなのですが、ドイツは只今フーリガン侵入対策でシェンゲン協定を一時解除中なので、入国審査はドイツ(この場合はミュンヘン)で行われます。
が、スキポール空港は途中、途中でパスポートコントロールのブースがあるので今回、この様な特殊な例の時はもしかしたらスキポールでも一度くらいパスポートを見せ、ミュンヘンで入国審査があるかもしれませんね。いずれにしてもそんなに難しいことではないですよ。
私はほとんどスキポール空港経由で欧州を回ってますが、とても便利な空港です。他の空港と違ってターミナルが分離されていないので徒歩で移動できます。でもとても広いので場合によっては移動距離が長いのでnanakoさんがおっしゃるように時間に余裕をもって移動してくださいませ。