スケジュールが不明なので。。。

> ヘルシンキ23時着飛行機
> ヘルシンキ　ストックホルム間を船で移動(夜発)
> ストックホルム6時半発飛行機

　依然どういうスケジュール(日にち関係)なのかわかりませんので正しいコメントを得るのは難しそうですね。:-)
　とりあえず理解した範囲で。。。

　ヘルシンキ空港から市内へのバスは午前1時過ぎまであったと思いますので、空港着が23時過ぎでもバスを利用できます。
　ヘルシンキからストックホルムへの船での移動は上記の到着日ではないとのことですので時間的な問題はないでしょう。
　ストックホルムを飛行機で発つのはヘルシンキから船で到着した日ではないですよね?　であれば問題ないです。
　参考URLをいくつかあげます。ガイドブックとあわせて参照されるといろいろわかると思います。

○フィンランド政府観光局
　http://www.moimoifinland.com/
○フィンエアー(空港案内あり)
　http://www.finnair.co.jp/link/index.html
○スカンジナビア政府観光局
　http://www.visitscandinavia.or.jp/
○スカンジナビア航空(空港案内あり)
　http://www.flysas.co.jp/ja/planbook/
○バイキングライン
　http://www.vikingline.se/
○シリアライン
　http://www.silja.com/sv/