みなさま、ありがとうございます&ご報告

PRICHANさま、amoromaさま

ご回答ありがとうございます。
6月に入り、もうすぐスイスに行けると思うとソワソワしてしまい、シゴトに身が入りません(笑)

さて、LXの事務所に問い合わせをしたところ、以下のとおり駅での荷物と搭乗券のチェックインが可能との連絡をいただきましたので、ご報告いたします。

***(以下、原文)***
スイスへお問い合わせありがとうございます。
お問い合わせ頂きましたフライレールバゲッジですが
駅でのチェックインサービスは利用できます。

・チューリッヒ(LX)→フランクフルト(JAL)→成田
お荷物は最終目的地(成田)までスルーでチェックインできます。

お手荷物の受付時間は現地の駅にてご確認下さい。
***(以上)***

スイス国鉄のサイトでは最終受付時間について示されており、PRICHANさまご指摘の通り、私の乗る飛行機の出発時間および利用する駅の場合は、前日の夜までの手続きが必要とのことです。(空港まで送る場合も同様)
http://mct.sbb.ch/mct/en/reisemarkt/services/schalter/flyrail/flyrail-standorte.htm

いざ現地では駅員によって対応が異なったりすることも考えられますが、とりあえずひと安心です。

みなさま、お心遣い大変ありがとうございました!
とりいそぎ、ご報告まで。