参考になるかどうか分かりませんが??

投稿されてから約2週間もたているので、既に解決されているかもしれませんね。
そして、まったくの素人ですので、経験しか書けないのですが、何かのヒントにでもなればと思い。。。

1.日本在住で、第三国のパスポートで、日本から海外出張に出て、日本に帰ってくる場合は、帰国時に、
　　日本の入国許可証(正式名称??)をあらかじめ取得しておく必要があると聞いたことがありました。
　　それで、一寸チェックしてみたら、次のような情報がありましたので、参照して見て下さい。

　　　　　www.fr.emb-japan.go.jp/jp/sitsumon/taizaikyoka.html

2.昔の話ですが、息子がアメリカの高校生交換留学に行ったときの出来事ですが。。。。
　　ホストファミリーが、メキシコ旅行に行く時に連れて行ってくれくれるけれど、未成年者を帯同するので、
　　親の許可証を公正証書にして欲しいと言われたことがあります。
　　この時は、これまでの経緯と旅行期間中の管理監督と保護についての委任状を作り、私の署名した
　　ものを送ったことがありました。

　　未成年者の一人旅行と言うことですので、思いつきだけですけれど。。。
　　旅行の目的、滞在先、期間、一人で旅行させる意図等々を書いた親の署名付き書面を持たせて
　　上げるのも良いかもしれませんね。
　　(入国審査官の心証が良くなるかどうか図りかねますけど。。。)