どれがいいでしょう...

私も3月にいろいろ調べていました。

先のみなさまが述べているように、一番安いのはSU便だと思います。
SU413?という便がおそらくないので、SVOで夜を明かすことになるでしょう。
(SVOⅠ/Ⅱ間の移動も必要かもしれませんし)

OS便にて途中Viennaで一泊というのもあります。

一番早く当日にVNOに入るには、AY便(とTE便)で最短で入れます(成田は出発曜日に注意)。

夏ですので暗くなるぐらいに到着しても良ければ、KL便(とTE便)またはSK便(とBT便)があります。

値段として私が行く時期には比べる余地もなかったのですがBA便とLH便も飛んでます。

他にもOK便やLO便もありますが、日本からのフライトと直接接続してないので選択に値しないと思います。

Moscow, Vienna, Helsinki, Amsterdam, Copenhagenの中で一番良さそうなものを選んでみてはどうでしょう。
他にもCode Shareがあるかもしれませんが、その時はご了承願います。

帰国のフライトはご自身で確認されて下さい。

Re: リトアニアへの乗り継ぎ

時期?

6月の場合SUが75000、週一便
　　　　SASは150000、デイリー便

後は中間料金でデイリーは無いですね。