直通もありますね

ジュネーブ経由でなくチューリヒ発のTGVだと直行できますね。
TGVについては詳しくありませんが
フランス国鉄のサイトで検索すると
ヌーシャテル～パリ　ノーマル運賃片道で108CHFでした。
http://www.voyages-sncf.com/dynamic/_SvHomePage?_DLG=SvHomePage&_CMD=cmdHomepageUK&WB=HP

スイス国内で切符を買われる場合は
窓口でスイスパスを提示すれば
国内分を割り引いた切符を出してくれますので
問題ありません。

SBBのサイトで料金を検索する場合、通常は選択した路線の右下
のBOOKINGのところをクリックすると出てきますが
国際線の場合は表示されません。でも問い合わせると
メールで知らせてくれます。