バイクが一般的ですが…。

　二人でしたら、タクシーかトゥクトゥクをホテルやゲストハウスで頼むのが無難だと思います。(相場の範囲内で予約できます。)
　アンコールワットやトムだけなら、トゥクトゥクでもいいですが、遠くまで行くのでしたら、タケオゲストハウスでの前日申し込みのツアーバスが安いと思います。
　とりあえず、何処に泊まるか解かりませんが、シェリムアプの空港から泊まる所までの足を確保できていなければ、泊まる所に予約した方がよろしいかと思います。