ギリシャは個人手配でも難しくないです。

サントリーニ島はまだ行けていませんが、昨年ザギントスには行ってきました。
ザギントスまでの航空券は自分で手配し、現地で現地発のシップレックツアーを申しこみました。シップレックビーチは船でないと上陸できないため、現地発ツアーを申し込むのが安くて効率的にまわることができます。

なお、ギリシャ入国便は6月15日以降、無作為で選ばれた乗客はPCR検査を受診しなければならず、結果が出るまで1日ホテルで待機させられます。この対応はいつまで続くか分かりませんが、入国にはしばらくリスクが伴いそうです。