2島とも空路往復が簡単ですが

乗り継ぎはアテネ国際空港から国内線でサントリーニ、ザキントスとそれぞれ往復すればいいので問題ないと思います。

ザキントスはバスでも行けるので、空港からタクシーでバスターミナルへ。そこからザキントス行きバスに乗ると、バスごとフェリーに積み込み、島に着けます。

片道は空路にするのもいいかと。

サントリーニも片道はフェリーにすると楽しいです。