問題ありません

ミュンヘン１→ウィーン２→ブダペスト２→プラハ２→ベルリン２→デュッセルドルフ１→ケルン→ハイデルベルク１→ミュンヘン１（数字は泊数）で１２泊１３日です。

初日ウイーンまで行ければ、ウイーンかプラハ３泊も可能です。プラハの場合日帰りでクルムロフへ。
この場合ブダペストは１泊ならウイーン、プラハともに３泊できます。