旅慣れてないようなので

パッケージ旅行がよいと思います。
個人旅行の場合、現地に着いてからもわからないことの連続ですから。

空港に関しては旅行会社に直接問い合わせてください。
基本的には関空発なら関空着で、成田への航空券は個人で取ってくださいと言われると思います。
旅工房などのアレンジ可能な旅行会社なら可能かもしれません。

アンコールワット中心とはシェムリアップ市内のことですか？
地図を見ればわかるように、空港からはシェムリアップ市内もアンコール・ワットも数キロの距離です。
市内へはトゥクトゥクで15～20分程でしょうか。