一概には言えないでしょう

航空会社もしくは空港のチェックインシステムによって違うかもしれないし、オペレータの権限次第かもしれない。仮にできたとしても運用で禁止されているかもしれないし、何等かの理由で『できない』と言われるかもしれない。もしチェックインされて成田―地方都市を放棄した場合、マイレッジ会員情報のブラックリストに載るかもしれない。

などなど考えると、東京迄のチケットにしておくのが無難では。