Aが無難かと

帰国が遅れてもいいならBでもいいですが、気象による欠航もありえるのでAのほうが無難かと。

外国人の東京、京都、奈良の周遊のように、サマルカンド、ブハラ、ヒヴァはひとつでも欠いたらウズベキスタンに行ったことにはならないので3都周遊はマストでしょう。全部1泊ずつではなく、サマルカンドには連泊できるので、ここでゆっくりすればいいかと。