予約はスイスの駅ならどこでもできます

チューリヒ→ウイーンの夜行（2等座席あり）だと思いますが、どこで乗り換えるのですか？

その乗り換え駅で予約しなくても、スイス内の他の駅でパスを見せて予約できますよ。
スイスに入って最初の駅（サンモリッツ、ベルン、ジェネーブ、ルガノなど）でも。