個人的おすすめは②アテネ+サントリーニ島

こんにちは。私も６月（クレタ島）と９月（パトモス島・カリムノス島）でギリシャを予定してます。
目的地が違うのでご一緒はできませんが、kuro-pomekoさんが挙げられた場所はすべて行ったことあるのでご参考になればと思います。

9日間ならアテネだけでなくサントリーかミコノスも入れるとよいかと思います。
島はまったく雰囲気違いますし、アテネから飛行機で安くいけます。
どちらからは人の好みによりますが、私はビーチよりは絶景や遺跡がいいのでサントリーニのほうが好みです（もちろんミコノスも景色いいです）。
メテオラやデルフィはアテネからの日帰りがよいかと。とくにデルフィはアテネ滞在中に安い日帰りツアーを簡単に見つけれるはずです。メテオラは時間はかかりますが電車で行けますし、駅についたらタクシーと交渉して何か所か修道院を周ることもできます（20ユーロくらいとか聞いた気がします）。私は前日に電車で現地入りして、翌朝ミニバスの現地ツアーに参加しました（5年前の話ですが、宿の送り迎え付きで30ユーロで、修道院3か所周ってくれました）。

時間があればペロポネソス半島方面の日帰りツアーもよいかと（コリントス運河やナフプリオンにも一瞬立ち寄る、ミケーネ・エピダウロスのツアーなど）。自分でも行けますがでツアーのほうが効率いいです。
アテネ市内の主要な観光めぐりは1日でできるかと（ただし美術館・博物館に時間をかける場合はもっと必要）。プラカ地区に泊まれば日々の移動や治安も安心かと。

初めてのギリシャ楽しんでください。