三人（または二人）個室寝台と夜行バスとでは天と地との差

なのでは？どちらを勧めるかというレベルではないと思います。しかし、その前に夜間移動をせねばならないのか？このほうが問題だと思います。一週間のうち3回も夜行バス移動なんか、体力のある20代でもキツいし、辛いし、効率的ではないと思うのですが・・・・。最初の二つは当たり前で、日本のバス業者が起死回生とも言える発想で運行している収益の見込める路線での豪華夜行バスならいざ知らず、格安でLCCとともに鉄道から客を奪った長距離バスに快適さを求めることは無理なのは自明のこと。最後のを見落としている人が多いのですが、自宅や職場、または出張先が発着地にある場合を除き、どちらにも拠点がない人が夜行（列車・バスとも同じ）を利用すると、基本的に宿は12時に追い出され、次の宿は12時以降なので、深夜までの約12時間は宿無し、トイレすら自由に使えない状態で、貴重品を含む全財産を持ち運ぶか、何処かに預け回収が必要なのと、日本の様に24時間開いている店もないため、居場所の確保が困難、さらに4歳児を大人の都合で生活リズムの乱れに巻き込むのは可哀想。到着時も同じで、日本の深夜バスは集客のために、到着時にマッサージやスパができるようにしている所もあるのです。着いても店は開いていない。何よりも真っ暗で、大陸に限らないことですが、夜明け前が一番温度が下がるために、この時期なら特に身体に応えます。要するに、時間の節約のつもりが、時間潰しで貴重な時間を無駄にしているのです。これが体力と時間とが有り余っている人なら無理には止めないが、そうではないですよね？少なくとも幼児がいる訳なので。

さらに夜行寝台列車がドイツでは廃止されていて、他国でも廃止傾向にあります。これは日本でも同じで、付加価値列車のないただの移動目的の夜行は廃止されています。夜行のキロ当たりの運行経費は昼間のそれに比べても大幅に上昇するため、採算が合わないからです。

shop.flixbus.de
15:00 München ZOB
19:45 Prag Hbf
53,97 € 2 Erwachsene Kinder 0 bis 14 Jahre
35,98 € 2 Erwachsene　なので、4歳児も17,99 € 取られます。中欧とは言え、20時前は深夜とは言わないでしょう。

Prag (Praha) → Krakau (Kraków)
20:08 Prag Hbf
06:05 Krakau Busbahnhof M 85,47 €
06:50 Krakau Busbahnhof M 95,97 €
Umsteigen in Ružomberok Busbahnhof
Ankunft: 01:08 Abfahrt: 02:20
Ankunft: 01:51 Abfahrt: 03:40
なので深夜に一時間以上の待ちが待っています。これも地獄です。4歳児には。
Aufgepasst! Es sind nur noch 4 Plätze verfügbar! なので三人席確保なら即買わねばなりません。

Praha hl.n. ab 22:15 EN 443
Krakow Glowny an 06:22

Kinder unter 6 Jahren reisen bei vielen europäischen Bahngesellschaften kostenfrei, jedoch ohne eigenen Sitzplatz. Falls Sie für Ihr Kind einen eigenen Sitzplatz wünschen, müssen Sie diesen kostenpflichtig dazubuchen. Bei Buchung von Sitz-, Liege- oder Schlafplätzen für Kinder unter 6 Jahren in Nachtzügen (Nightjet oder EuroNight) beachten Sie unbedingt Informationen im FAQ Bereich.一般論として6歳未満（DBではKind 0-5 Jとしている）の幼児は席を占有しない限り無料だが、各国で異なるので、2.4. Haben auch Kleinkinder/Babies Anspruch auf einen eigenen Sitzplatz?を参照せよとあります。

DBは5歳までは席なしで乗ることは許されているが、席を使う場合はKind 0-5 Jで料金を出せとあり、OEBBでも基本は同じ。

あとは出発国の鉄道サイトでお調べください。でも、夜行自体を止めたほうが賢明だと思いますが・・・。