別の質問で日程がありましたね。。。。

失礼しました。
４月２４日から５月８日（９日着）の予定なんですね。

スカイスキャナーで調べると。。。私ならLOT利用します。
https://bit.ly/2QsTOkf
(リンクが切れるかもしれませんが・・・)
4/24 LO80 NRT-WAW 10:50-14:30
LO226 WAW-VIE 17:20-18:45

5/8 LO412 ZRH-WAW 10:25-12;20
LO79 WAW-NRT 15:05-8:35(+1)

のフライトで、LOTで直接とっても131,880円
このLOTの直接取ることのメリットは長距離線のオークション制度。
プレミアムエコノミー(PY)やビジネスクラス(C)にアップグレードの入札ができ。片道３〜４万円程度でPYにアップグレードできることがあること。事前だけでなく当日空きがあれば定額ですがPYで４万ぐらいだったかな・・・ポーランド通過なのでその時によりますが・・・で、アップグレードすることもできます。
なので、行きは体力あるからエコノミーで、帰りは疲れたからワンランクアップしよう！とかもできます。
当日はどの予約経路でも可能かと思いますが、事前の入札はLOT直接でないと資格がなかったかと思います。（事前入札だとマイルがアップグレード後の割合でついた気がします）

乗り換え時間も十分あり、東欧のワルシャワ経由なので飛行時間も短く身体にも楽かと思います。

https://bit.ly/39izpat
次は高くなってしまうものの直行便。169,730円（エクスべディアやHIS）
4/24 NH206 HND-VIE 1:20-6;00
5/8 LX160 ZRH-NRT 13:00-7;40(+1)

https://bit.ly/37eBfHe
また同じフライトで現地出発日を一日早めれば１万安くなります。
一日目がまるまる使えるので日程的にはもともとと変わらず行動できるかとフライトで１万安くなり、さらに宿泊分も考えれば差額は大きい。

私だったらフライトをこの２択（直行便は一日すくなくなるプラン）で選ぶかと思います。

他にもワンワールドのマイルを貯めているとかならばFINNAIRを使うプランなどもあるかと思います。