多分通し予約と思いますが

この場合余程の遅れがない限り乗ることが出来ます。

通し予約は標準的な遅れを見越し且つ乗り換え手続き
時間を考慮して予約を受けつけている訳です。
なので通し予約以外はその対象にはなりません。

乗り換え搭乗券を持った客が搭乗していない場合には
客の預け荷物を降ろす必要が有り厄介な事になるので
航空会社は極力待ちます。

所定の時間が経っても搭乗しない場合は原則荷物を
降ろし離陸する筈です。

預け荷物がない場合は搭乗していなくても離陸する
ケースはあります。

余談ですが座席に着いてから説明もなく長く待たされる
場合搭乗客の荷物を降ろしていたりする事が原因の事も
あります。