やっぱり旅行社に聞くしかないかと

＞一緒に入っていた紙にはバリデーション時に駅でパスポート番号を書いてくれなかった場合、署名欄がある場合は、自分でパスポート番号や署名を記入しておきます

これがよく分かりません。
バリデーションがまだ、済んでいないような書き方ですから。
日本で済んでいても、パスポート番号は駅窓口などで書いてもらいなさい　という書き方ですね。
バリデーションを日本の旅行会社が代行するのですから、スタンプ押しと旅券番号まで旅行会社がするのが正しいと思うのですが、日本でバリデーションなどしたことがないので、分かりませんとしか言えないのです。
私のアドバイスはすべて体験に基づくものですので。
電話で旅行会社に聞くしかありません。
連続パスの場合、利用日も含めて、旅券番号などすべて（署名以外）駅窓口で相手が書きます。30日から使用開始で3日連続パスなら1月1日までですから。