この場合は別途ウィーン中央駅まで切符購入必要ですね。

空港から中央駅の間で検札あるかという質問でしたら、常にという訳ではありませんが、たまにあります。（最近はこの区間を毎週利用しています。）
切符無しの乗車に対する罰金は確か100ユーロちょっと超える額だったと思います。切符の購入ミスを素直に受け入れ、この区間の切符を購入するしか選択肢はありませんね。