ギリシャ本土周遊を挟み、ピレウスからミコノスとサントリーニへは？それぞれフェリーで往復は？

２週間のあるのですから、すべて船便という選択肢が一つ。この場合はフェリーに5区間乗れるユーレイルアイランドパス（1万円強）を利用してピレウス～ミコノス2泊3日、ギリシャ本土5～6日、ピレウス～サントリーニ4泊5日か5泊6日と2回に分けて船旅をします。
先にサントリーニでもいいですが。

これをフェリーでなく空路にしてもいいかと。アテネ基点の往復です。
ミコノスは近いのでフェリー、サントリーニは空路往復でもいいかと。

島も素晴らしいですが、ギリシャの魅力の半分は遺跡だと思いますので、アテネ以外にデルフィとメテオラだけは行かれるといいかと。
デルフィは自然がサントリーニに匹敵するほど素晴らしいですよ。周囲の岩山が神々しいので世界のへそと呼ばれる神域になったのですから。
アテネから日帰りで行けるコリント運河、スニオン岬もぜひ。

世界遺産のメテオラにも行かれるならギリシャの列車乗り放題のユーレイルギリシャパス1か月のうち好きな3日用1万4000円強、4日用1万8000円を利用もいいかと。
4日だとアテネ～カランバカ（メテオラ）往復（1，2泊）、アテネ～コリント日帰り往復、アテネ～レバディア（デルフィ）日帰り往復に利用します。

ギリシャの列車とフェリー乗り放題で2万4000円～と手ごろですから。

サントリーニも見どころは夕日と湾内火山風景はくらいですから2，3泊の方も普通にいますので、その倍にしましたので十分かと。

ミコノスはサントリーニが日本人にほとんど知られていなかった1970か1980年代まではギリシャ一の人気の島でしたから、1，2泊はしたいです。行かないという選択肢は考えられません。