3週間で40万円

3人の行きたい場所を挙げていったら、バラバラの場所になってしまったという感じでしょうか。もうちょっと絞った方が良いと思いますが、こればっかりは人それぞれなので。

もし本当に全部行くなら、ロンドン、パリ、ブリュッセル、アムステルダムをAグループ、スペインをBグループ、ミュンヘン（きっとモンサンミッシェルなども行くでしょうし）でCグループと考えて、それぞれのグループの間は飛行機移動、グループ内は電車移動が良いと思います。

旅程の最後にお土産を買う事になると思うので、お土産を買いたい場所を最後を目的地にするのも良さそうです。私の個人的な感想ですが、挙げられた場所の中で一番喜ばれたお土産が、ベルギーのチョコレートでした。なので私なら最後にブリュッセルにしますね。あとはイギリスの紅茶とか。食事も旅行の最後にロンドンで奮発してアフタヌーンティーしても良いでしょうし。ドイツは正直あまり買いたいものがなかったです。

日程は成田からアムステルダムin パリoutのチケット（行きがKLMで帰りがエールフランス）でアムステルダム、ライデン、ブリュッセル、アントワープ、ブルージュ、パリ、モンサンミッシェルという感じで電車移動した時で、10日間でちょうど良かったです。
初めて行くならパリやロンドンは見所が多いので、各都市3日は欲しいですね。アムステルダムも市内の観光にまる2日と、先々週私もアムステルダムから電車でデン・ハーグという町まで行って、そこにあるフェルメールの「真珠の首飾りの少女」という超有名な絵を見てきたのですが、みんなに羨ましがられたので、もし絵画がお好きならぜひ行ってみてください。
かかる日にちは、全部行くなら3週間位でしょうか。金額もちょっと余裕を持って40万円くらいみておいた方が良いと思います。
内訳は航空券11万円（アエロフロートで成田からミュンヘンin ロンドンoutで調べました）
ドミトリーの宿1泊4000円〜5000円で約10万円（3人だったらドミトリーじゃなくてアパートなども候補に入れても良いかも。booking.comなどの口コミの点数がなるべく高いところにした方が無難）
移動費10万円
入場料と食事やお土産代 10万円
予算が少ないなら、ここからどれだけ削っていけるか移動費をネットで調べまくって、予算を出してみてください。