通しで買えるはずですが、、

DBで出すと、
Venezia Santa Lucia ab 09:35 FR 9413 Frecciarossa Richtung: Roma Termini
Firenze S.M.N. an 11:44
Umsteigezeit 44 Min.←短くないので違う？？
Firenze S.M.N.ab 12:28 R 3123 Regionalzug Richtung: Livorno Centrale
Pisa Centrale an 13:28
Umsteigezeit 14 Min.
Pisa Centraleab 13:42 IC 35674 Intercity Richtung: Milano Centrale
Monterosso an 14:53

Intercity 670 - da Pisa Centrale (11:42) a Monterosso (12:53)だとすれば、

Venezia Santa Lucia ab 07:25 FR 9407 Frecciarossa Richtung: Napoli Centrale
Firenze S.M.N. an 09:35
Umsteigezeit 53 Min.←さらに長い・・・
Firenze S.M.N. ab 10:28 R 3117
Pisa Centrale an 11:28
Umsteigezeit 14 Min.
Pisa Centraleab 11:42 IC 35670
Monterosso an 12:53

Venezia Santa Lucia ab 10:25 FR 9419
Monterosso an 16:53 は
Umsteigezeit 1:18 h
Firenze S.M.N.
となり、

>1と2の乗継時間が短いため
のは出てきません。

そこで、FSに戻ってやってみると、、、
ちゃんと、Cambi: 2はでてきます。
FRECCIAROSSA 9407 - da Venezia S. Lucia a Firenze S. M. Novella
Regionale 23353 - da Firenze S. M. Novella a La Spezia Centrale - Cinque Terre Express 21196 - da La Spezia Centrale a Monterosso
で、07:25発、12:47着です。

いんてるしてぃーを使うものは、これもちゃんと出ますね。
FRECCIAROSSA 9407 - da Venezia S. Lucia a Firenze S. M. Novella
Regionale 23353 - da Firenze S. M. Novella a Pisa Centrale
Itercity 670 - da Pisa Centrale a Monterosso
Venezia S. Lucia 07:25 Firenze S. M. Novella 09:35 Frecciarossa 9407
Firenze S. M. Novella 09:53 Pisa Centrale11:03 Regionale 23353
Pisa Centrale 11:42 Monterosso 12:53 Intercity 670

DBとFSとの違いは、Firenze S. M. Novellaでの乗り換えが後者で18分ということ。冗談ですが、DBはイタリア鉄道の列車運行に懐疑的で、Frecciarossaの遅れを前提としているとか・・。

まあ、FSでちゃんと通しで取れたのに。この18分よりも短い乗り継ぎだったら危険です。Regionaleは遅れて当たり前、定時なら奇跡なので、ICを乗り逃がします。この点は大丈夫でしょうか？

Regionale 29211 - da Firenze S. M. Novella a Pisa Centraleは、
Ordinaria 2ª Classe 8,70 EURのみで、通しでも各割引き料金の合算なので、損はしていない筈です。

このまま買おうとすると、注意が出てきて、
Il biglietto elettronico regionale non necessita di convalida
Il biglietto elettronico regionale (BER) deve essere esibito su richiesta del personale di bordo tramite supporto informatico (pc, tablet, smartphone) in grado di visualizzare correttamente file .PdF o codice
ローカル線は刻印不要とか、実体切符が必要とか出てきます。

すでに買ってしまったので仕方ないのですが、Baseなら変更も視野に入れて、FR→Rの部分を長めにとるべきでしょう。18分が短いと思っていたなら、そのままで大丈夫でしょう。通しでないので、ICに乗り遅れたら大変です。

問題の”発券”ですが、
Ticketless: il biglietto elettronico di Trenitalia
Se hai acquistato online o su App, ti verrà inviata una e-mail con le indicazioni relative all'operazione effettuata e il PNR. Se vuoi, puoi ricevere un SMS sul tuo telefonino con il riepilogo del viaggio.
Una volta sul treno ti è sufficiente fornire il PNR al personale di bordo.
なので、最低、PNRだけでOK。一方、ローカル線（FSMN→Pisa）は、もしオンラインで買うと、上記通りになります。

ところが、Acquista il tuo biglietto alle Self Service
Distributori self-service di biglietteria / Self service ticket machines
を選択したようで、、、
要するに、自販機で発券しろと言うことです。何か特別な操作をしたのでしょうか？それに従ったほうが良いでしょう。でも変更可能なら受け取り方も変更しましょう。

刻印ですが、時間が問題で、ローカル線は乗る直前にすべきです。