シャウエンは鉄道ではアクセスできないので

バスかタンジェまで鉄道で行き、バスに乗り換えとなります。タンジェ乗り換えの方がいいかも。
ＯＮＣＦのサイトでは、SUPERTOURSのバスも表示されます。ここかＣＴＭのバスが快適でいいと思います。
砂漠最優先ということであれば、まずマラケシュに行き、砂漠ツアーに参加すればどうでしょうか。
そうでなければ、マラケシュ後の方が、カサブランカにアクセスしやすいので、安心では。シャウエン最後にすると、カサブランカまでの移動が不安になるのでは。