2年前に行きました。

自分は王道のヒヴァーブハラ間で使用しました。
知人と2人で宿泊していたホステルに2名での使用と料金を確認し頼みましたが、結局少し走り乗り合い人数揃うまで待機でした。ドライバーは英語伝わらずロシア語の翻訳アプリで訴えましたが、まあ無理で、残りの2名分支払い、やっと出発しました。
ウズベクはここ数年でかなり観光地化しています。状況は目まぐるしく変わっているかと思いますが、基本都市間移動はタクシー＝乗り合いタクシー＝人数確保がマストかなあと思います。
自分も旅記事よく見ましたが、一般的なタクシー利用は近距離以外では見なかったと思います。
しっかりしたホテルなら大丈夫かもしれないですが、乗ってしまったら後の祭りでドライバー次第な印象もあります。
鉄道に関してですが、タシュケントーサマルカンドは1番観光地の都市間では近く、本数もまだあると思います。
一方で人気路線で空席が少ない路線でもあるようでした。なるべく早めに駅で事前に買うと難しくはないかと思います。