昨年行きました。

このルートで以下の条件ならマダガスカル入国の際、黄予防接種証明書の提示を求められません。
昨年電話で厚労省や外務省でも確認しましたよ。
その点は心配されないで良いと思います。

厚生労働省検疫所ＦＯＲＴＨの黄熱病についてのマダガスカルの項目には「乗り継ぎのため、黄熱に感染する危険のある国の空港に12時間以上滞在した渡航者も黄熱予防接種証明書が要求されています。」とあるので1時間しかいないので恐らく大丈夫だと思うのですが、最近の状況を知る方がいれば教えて頂ければと思います。

もちろん12時間を超える遅延などがあった場合は定かではありません。
ちなみに私は念のためとたまたま他のルートに変更出来ましたのでこのルートでを取りやめヨハネスブルグ経由で行きました。
もしご心配なら電話で問い合わせしたら教えてもらえます。楽しんでください。