Re: 詳しいご回答、本当にありがとうございます。

いえいえ。
とりあえず、打ち込みまくってまとまらない文章になり申し訳ないところですが。

そういうことでしたら、1ヶ月で2カ国を検討に組まれてはどうでしょう？
シーズンなども踏まえて、ウユニはまたの機会で、その際1ヶ月で、ラパス in ラパス →スクレ→ポトシ→ウユニ→アタカマ砂漠→サンペドロアタカマ→サンティアゴ→バルパライソ→ビーニャデルマール→サンティアゴoutなど。
エクアドルも、コロンビアと合わせて下って行くといいかなと思います。ボゴタ→カルタヘナ(一旦上がり)→メデシン→サレント→イピアレ(エクアドルとの国境街)→キト→バニョ→クエンカ→グアヤキル→ガラパゴス→キトoutなども可能かと。

今回はペルーのみに絞るか、8-9月だと遅い可能ありますが、アマゾン行くならブラジルのレンソイスまで行くのもありかなと。
リマinしてクスコ行った後はプカルパ、イキトス、レティシア、マナウスとアマゾン旅をして、ベレンを抜けたら近くにレンソイスの最寄り都市サンルイスがありますので(^^)レンソイスからサンパウロに行きout！
逆ルートが可能であれば逆でも有りですし(^^)
クスコ2週間残り3週間もあれば可能かもしれません。
先日レンソイス行きましたがサンルイス空港から移動とツアー会社で1日、セスナ午前中に乗って、昼から夕日が観れるラグナボニートツアーに行けば2日、翌日朝からサンルイスに戻りで、3日あれば行けました(^^)
サンパウロ1日観て、4-5日あれば可能と考え、マナウスからベレン、ベレンからサンルイスを2日入れても1週間、クスコからプカルパからマナウスまでが2週間使えるので、行ってないので不確かですが、行くことは可能かと。
サンルイスーサンパウロは飛行機
状況によっては、クスコープカルパも飛行機も含め(^^)

またまた詳しいプランニングありがとうございます！

またも、こちらの希望に沿ったプランニングありがとうございます。
正直3つのプラントも魅力的でなかなか難しいですね。ただ初志貫徹でやはりペルー か。ペルーとアマゾン楽しそうです。
あと最初のご回答の最後のコメントい書いていただいたスケジューリングも合わせて参考にさせていただきます。

普段の旅行計画であまり意識したことがなかったためすっかり失念しておりました（すみません）が、
性別が女性なため、治安には十分注意した方がいい旨をアドバイスいただきました。
残念ですが、、治安がすごい悪いところは外すことは制約条件として、tamoxxxさん方のご意見参考に決めていきたいと思います^^
五里霧中だったのがだいぶ方針がたてられました！