大丈夫ですよ。荷物を降ろされてもミュンヘンで降りたときに荷物と再会できますから。

新スケジュールをよく見ると、よくあるパターンですが、バスは中間点で折り返し運行ですね。
終点まで運転するとドライバーのホテル代が要ります。2名分も。
折り返し運転なら自宅から日帰りも可能です。3時間もの休憩時間もあるし。

従来はバスはそのままで、ドライバーだけが折り返していたかも。だから荷物はそのままだったのでしょう。
レス6の方の通り、観光時間の間に、ローテンブルクでは降りずにミュンヘン、フランクなどまで行く方の荷物はドライバーが折り返すバスに移し替えてくれるのでしょう。

自分で移し替えることはないという理由は南下のバス（あなたの）は12時55分着なので、すでに12時35分に到着している北上のバスにドライバーが指示して、このバスに移し替えてくださいということができますが、
北上のバスの乗客は12時35分に着いた時、南下のバスはまだ到着していず、12時55分に着くまで20分も荷物移し替えのために観光もせずに待たなくてはいけません。

そんな不公平なことはありえないでしょう。
着いたら、すぐに乗客に「観光・散策におでかけください。荷物は移し替えておきますから」と言うことでしょう。
「バスは変わりますので、行き先をよく見て乗ってください」と。

講釈師見てきたような嘘をつき　と言いますが、これは多分本当の話です。