2018年6月に利用しました

これから旅行とのこと。楽しみですね。
私はマルタ本島から日帰りで効率よく行って来ました。

チケット売り場で「Malta」to「Comino」to「Gozo」のチケットを購入しました。10ユーロでした。チケット売り場はフェリー乗り場ではなく、コミノ行きの舟乗り場横のプレハブの建物で購入します。コミノ島からゴゾ島行きの時刻表と乗船してよい舟の名前が記入されたパンフレットを説明されながら頂けます。朝一番の９時発に乗船しました。コミノ島からゴゾ島行きの舟は他社のも有りますので間違えず記載されてる舟に乗船してください。他社の舟に乗り料金を請求された方がいました。ゴゾ島に到着し乗り降り自由の観光バスで島を１周し帰って来ました。帰りは「Gozo」から「Malta」行きのフェリーは別に4,65ユーロ支払いました。
私の場合Konpekiloveさんとは逆パターンでしたが、ゴゾ島からセットチケットが購入できるか解りません。
少し割高になると思いますが各島（ゴザからコミノ。コミノからマルタ）でチケットを購入し乗船することはできます。コミノの場合特にチケット売り場が有るわけでなく、各島行きの時刻表が提示してありその時刻に舟乗り場に行き船員に声かけするかたちでした。

体験談でしたが少しはお役に立てばと思います。