(私の場合)迅速に対応してくれました。ただしその場でAgodaに連絡。

2年くらい前ですが、Agodaで大連(中国)のホテルを予約しました。
ホテルについてチェックインをしようとすると、「あなたはこのホテルには泊まることはできない・・・」と言われました。
理由は「このホテルは外国人は宿泊できない」とのことでした。(ちなみに、その1年前には、そのホテルに宿泊しましたので、その後、事情が変わったようです。予約時、AgodaのHPには「外国人宿泊不可」の表示は無し。)
ホテルのスタッフが「隣のホテルは外国人は泊まることができる」と言ってました。
とは言っても、勝手にその隣のホテルにチェックインすると、ややこしいことになりそうなので、まずは、Agodaに連絡をしようと思いました。(事後連絡だとややこしいことになる恐れがありますし、また、事後連絡だと一般的には「自己責任(勝手に処理をした)」となる可能性が大きいと思ったので。)

そこで、予約票に書かれているAgodaの日本事務所にTELをいれました。(ケータイは持っていなかったので、そのホテルの電話を借りて国際電話をしました。)
そして対応に出たAgoda日本事務所のスタッフ(日本人)に「この件は私には非がないので、問題解決するまで(どこかに宿泊できるまで）処理するように」とお願いしました。
その後はAgodaのスタッフとホテルのスタッフで話し合いをしてもらいました。(私は結果待ちという状態。)
その結果、私は隣にあるホテルに宿泊できることになりました。そのホテルの料金は、私が予約していたホテルより3倍くらい高かったのですが、それもAgoda負担となりました。(私は当初のホテル代金負担だけでOK。　ただし、チェックインの時は私が全額支払い、その後、領収書(クレカの明細)をメールでAgodaに送付。後日、差額分をクレカ経由で返金という流れでした。）

事後連絡は、不利な立場になることが多いので、理想的には　やはりその場で問題解決させるのがいいように思えます。
問題解決させる責任は仲介者(この場合はAgoda)にありますので、その仲介者(Agoda)の承認なくお金を払ったら、より立場が不利になるように思えます。