リンツ～CK～プラハ

リンツからチェスキークロムロフ(CK)へは乗合のシャトルがあります。例えば：
https://www.ckshuttle.cz/transports/transfer-from-linz-to-cesky-krumlov/
これを含めて少なくとも3社ある（Linz CK shuttleで検索）ので，各社に当たればちょうどよい時間が見つかるかも知れません。鉄道は乗換えが多く，CKの駅は町はずれなので大変です。

CKからプラハへはStudent Agencyのバスがあります。予約が必要です。ここも鉄道よりバスがいいです。
http://www.ckrumlov.info/docs/en/ad2008032501.xml

CKでの荷物は観光案内所で預かって貰えますが，午後リンツを発ち，CKで観光し，プラハへ行くのは少しムリかと思います。ここはやはり1泊すべきでしょう。

なお，私はこのルートと全く逆のルートを通ったことがあります。少し古いですが，下記ブログをご覧下さい。
http://www.currentec.jp/Blog/Centraleurope/contents_html/ME_00.html