それがいいかと

＞5日目 ルクソール神殿と王家の谷を見学 深夜飛行機でカイロへ
6日目 午後カイロを発つ

これだと深夜便が運休になると大変だし、日中便でも予約便が運休になり、その日にカイロに行ける便が満席だとピンチです。
イン・アウトが同じ場合、その都市の観光は原則最後にすると安全です。
先に他の都市周遊となりますが、東京イン、アウトで京都、広島、鹿児島を列車（新幹線）で回る場合、鹿児島に直行してからもどるのではなく、手前の京都から観光するのが鉄則です。
8時に東京を発つとしてすぎ」初日に京都なら10時すぎからほぼ丸1日観光できますが、鹿児島からスタートだと15時からとなり、初日はほとんど観光できないからです。
最終日鹿児島をほぼ丸1日観光し、夕方の新幹線に乗れば、その日のうちに東京に着けます。
移動は観光可能な日中でなく、夕方～夜にすると効率的です。特に余り時間のない場合。
空路の場合、それほど差は出ませんが、手前から攻めるほうが1時間は観光時間が増えます。