ウイルスや細菌が皮膚から侵入していたら

人類はすでに滅亡しているか、全く異なる生物体として生き残っているはずです。要するに、我々を取り巻く環境はウイルス細菌、真菌などの原虫などの微生物だらけなのです。ですから傷口とか粘膜（ウイルスはここから入れるものがあるのいで感染が成立してしまいます）以外から入ることはまずないと思って良いのです。プールでの感染は目からですし（誤飲もあり得ますが、、、以前、香港の海に落ちたらコレラに感染すると言う冗談がありましたが、可能性はゼロではないでしょう）、鼻や気道とかも標的です。それに下水とか培養水でもなく絶対数も少ないので、生で飲まない限り大丈夫です。

日本で過度の清潔な状態にいれば、免疫もないので、注意を怠ったらあっという間に感染成立でしょう。実は日本人が大挙して訪れる隣国はA型肝炎が時々発生します。この国もここ数十年で劇的な発展をしたので、衛生状態はかなり良くなっているのですが、ここ最近、A型肝炎感染者が増えているようです。これは、古い世代は多くが免疫を持っていたのが、若い清潔しか知らない世代が増えてきたためと考えられています。これと同じことで、ネパールの地元民は免疫を持っているが、日本人観光客にはない。やはり生水には決して手を出さないことが必要。ただし、手洗いや歯磨き（歯磨き粉は界面活性剤を使うので、少しの雑菌なら死滅します）程度なら問題ないし、入浴も大丈夫。

ああ、何処もそうですが、飲食店のバックヤードをみたら、まず外食はできなくなるでしょうね。気にし出したらきりがないが、完全に防御も難しいのも事実です。

心配ならA型肝炎ワクチンでも受けたらいかがでしょうか。

台湾の衛生福利部疾病管制局にはA型肝炎発生状況も出ているし、国民啓発のために感染症の紹介もしています。結構参考になります。
傳染病介紹
依主要傳染途徑分類
感染ルートは、昆虫（蚊やハエ）に刺されること、飲食感染、空気感染、血液（性行、輸血）感染等です。

お国（外務省）のほうでも有益な情報を提供しています。字数制限をクリアーするために、改変しています。

ネパールの上水道は首都のカトマンズでさえ未整備です。屋上の貯水タンクに，購入した水や井戸から汲み上げた水を貯めて利用しているところが多いのですが，中流以下の人たちは，日々ポリンタンクで共同水場から運んだ水を利用しています。一方で，タンク車の水，、、、
感染性胃腸炎
ジアルジア（ランブル鞭毛虫），クリプトスポリディウム，コレラ，赤痢，病原性大腸菌，腸チフス，A型＆E型肝炎，赤痢アメーバー、、
ウイルス性肝炎
ネパールで注意を要するウイルス性肝炎には経口的に感染するA型肝炎，

字数の制限で一部だけなので、ぜひ全文を読まれることを強く勧めます。