コルドバーグラナダ、グラナダーマラガは

バスの方が便利ですよ。
https://www.alsa.com/en/web/bus/homeでチェックを
セビーリャーコルドバもバスの方が時間かかりますが、セビーリャの駅へのアクセスを考えると、時間差は少なくなりますよ。
トレドもセビーリャへ移動する日は鉄道でも、いいでしょうが、マドリードからはバスの方が、便利では。鉄道よりも本数は多く、それほど時間もかからないですよ。もちろん、価格は安いので。
マラガも面白い所ですが、何か思い入れはあるのですか。グラナダからマドリードまで直のバスもありますよ。
マラガに泊まるのなら、殺風景な駅前より、東の方にある川向うのセントロ地区の方が、ずっといいですよ。
他の回答にもありますが、セビーリャからビルバオのダイレクトフライトも使えるのでは。
先にマドリード、アンダルシアを周遊し、セビーリャからビルバオまで飛んでしまえば、マドリード2度寄ることもないので。
これから、何度もヨーロッパに行く予定があるのなら、サンセバスチャンは次回にして、、フランス側からは入るのも面白いかも。パリーボルドーービアリッツーサンセバスチャンーバルセロナ