flixbusがあるようですよ

Munich → Český Krumlov

出発（10:20）Munich central bus station
到着（16:20）Český Krumlov (bus station)
このあと、プラハに向かうようです。

6時間　ダイレクト　3月出発で早割15.99ユーロ

長距離バスにお詳しい方が、なぜだか出ることができないようで、
その方がいらっしゃると、もっと詳しく教えてくださると思うのですが。