タクシーなどで宿泊先の建物内に移動した方がいいと思います。

はじめまして、こんにちは。

ウズベキスタンは親日国で治安は、それほど悪くありませんが、
旧ソビエト連邦からの独立国の影響もあり、
深夜にはウォッカなど強いお酒で泥酔する方々が結構います。
まあ、空港建物内に泥酔者はいないと思いますが、、、。

最悪の場合、ひとりでタクシーに乗ることになるかも知れませんが、
サマルカンド空港行の飛行機に乗る前、搭乗中、降機直後に
女性または、女性を含むグループに市街地へのタクシー同乗をお願いしてみるのが最善かと思います。