TP 1043/TP 201ならば

TP 201 LIS 1250 EWR 1605
TP 209 LIS 1700 JFK 2000
UA 65 LIS 1015 EWR 1350
DL 273 LIS 1215 JFK 1524

TP 1049 BCN 0645 LIS 0740
VY 8460 BCN 0710 LIS 0810
TP 1043 BCN 1015 LIS 1110
VY 8470 BCN 1205 LIS 1305
TP 1035 BCN 1235 LIS 1330
VY 8470 BCN 1240 LIS 1340
VY 8466 BCN 1330 LIS 1430 BCN 1345 LIS 1445
TP 1037 BCN 1530 LIS 1625

合致するのが、TP 1043/TP 201
ならば、通しで買ってしかもTP/TPなので、問題ないでしょう。当たり前ですが、TAPサイトでも、Tempo de ligação: 1h40mで売りに出されています。

これもすでに指摘されていることですが、
>国際線ー国際線の乗り継ぎで
ではなく、国内線（扱い）→国際線乗り継ぎとなるので、
LISでの出国が必要です。

私も、
>情報の欠如等
だらけだと思いますが、、、

(1)”1時間40分は間に合うレベル”です。
(2)”どの程度の遅延がタイムリミット”かは第三者には全く判断できません。
その時の乗客の状況（同じような乗り継ぎ客が何人も居るか、別便も遅れる）、天候状況（荒れ模様で軒並み遅れ）、経営判断（待って載せるべきか置き去りにするほうが良いか）もありますが、お後にTP 209が控えているので、それに乗せるでしょう。
(3)は定時に着いても、空港外に出ることは客の自由です。理由は国内線（扱い）なので。

些細なことは、、、、本当に心配だったら、話の順序がことなります。
”すでに航空券(ポルトガル航空)は予約”する前に、疑問を持ちましょう。