とりあえず料金は同じ

SNCBのサイトで試しにアムステルダム中央からブリュッセル中央と南の列車を検索してみましたが同じ料金でした。
（同じタリス利用、中央駅まではプラスIC）
ついでにタリスのウェブサイトから同じ列車を検索しても（この場合選択は南駅のみ）同じ料金ですね。

タリスサイトからはタリスの停車駅間のチケットしか表示されませんが、SNCBサイトからはベルギー国内の駅指定で買えますので、心配ならSNCBサイトから中央駅指定で買えばよいでしょう。

HEさんのおっしゃる"any Belgian station" も多分SNCBサイトからしか買えないです。
SNCBサイトからスキポール－ゲントまでチケット買ったらアントワープまでのタリスとこのオプションが付いてきました。
ゲントって書いてないじゃんと思ったら、「国内どこで降りてもいいよー」と書いてありました。