リスクはあるでしょう。

エジプト航空　エーゲ航空ともに星組ですのでCAI　T3の同一ターミナルのはずですが、
ギリシャでの乗り継ぎはともかくも、
出発地がMS国内線ですので、CAIで要荷物ピックアップ・出国手続きになるのでは。
（一応、MSに確認を）

となると、MS国内線で許される遅延は３０分程度、ということになりますか。