どうしても早朝に出ねばならないのなら

München Hbf ab 06:48 23 ICE 728
Ingolstadt Hbf an 07:24 4
Ingolstadt Hbf ab 07:30 7 ag 84233
Regensburg Hbf an 08:36 109

München Hbf ab 07:19 23 ICE 1582
Ingolstadt Hbf an 07:55 4
Ingolstadt Hbf ab 08:05 5 ag 84235
Regensburg Hbf an 09:10 109

Super Sparpreis 19,90 EUR  
Sparpreis (City-Ticket inklusive) 23,90 EUR
で行くか、

BUS42050 IC Bus Richtung: Praha hl.n. (Autobusová St. Wilsonova)
München ZOB (Hackerbrücke) ab 07:35
Regensburg Bahnhofstraße (Fernbushalt) an 09:15
で行き、帰りには適当なSuper Sparpreisか、勿体ないがバイエルン切符を使うしかないと思います。

ICEに乗る区間は短いし、REよりも時間が掛かるが仕方ないのです。通勤通学者優先なので。

ただし、敢えて混む可能性のある早朝に出なくても、店の開く9時以降にでたほうが楽しだし、有効に時間が使えるような気がするのですが。何度も書きますが、食事はかなりまともな傾向にあるバイエルンと言えども、やはり朝食が最も美味しい（真っ当）なので、ゆっくり朝食を食べてから行動するのではダメなのでしょうか？

変則的な使用法ですが、
München Hbf ab 07:44 26 RE 4852
Landshut(Bay)Hbf 08:29
18,10 EUR
もっと早く出ることも可能で、ここで観光とか朝食をこなし、

Landshut(Bay)Hbf ab 09:02 5 RE 57912
Regensburg Hbf 09:45
ならバイエルン切符の登場となります。